في مارس 1996 ، فازت الشيخة حسينة وأصبحت أول رئيسة وزراء بنغلاديش ، بعد أن عملت لمدة خمس سنوات. على مدار سنوات حكمها ، تحسنت العلاقات مع الهند ، وتم توقيع اتفاقية حول تقسيم مياه نهر الجانج.

من 2001 إلى 2008 ، واصلت شاه حسينة نشاطها السياسي في المعارضة.

في نوفمبر 2008 ، قادت حسينة حزبها في الانتخابات البرلمانية الجديدة ، التي كان من المقرر إجراؤها في 29 ديسمبر 2008. بعد فوزها في الانتخابات ، تولت حسينة مهام رئيس الوزراء في 6 يناير 2009.